Так. Раз никто ничего так и не написал, получите решение сверху. Да, мы все такие внезапные, поэтому сюжет будет внезапный и до конца игры, и критика более не принимается.

Кратко:

1. Доков не существует.
2. Уборщика подставили, как козла отпущения. Потому что из всех сотрудников он был самым жалким и копаться в его проблемах, когда его грохнут, никто не стане. Но он единственная зацепка для полиции и "повстанцев", поэтому они все сперва идут по ложном следу. Заметьте, среди них нет даже середнячковых детективов - сразу они ни о чем не догадаются.
3. Слух о документах был пущен намеренно еще до их "похищения", чтобы создать ажиотаж (вспоминаем анонсы супер-новых-товаров, их цель - создать ажиотаж на рынке и подготовить людей к релизу).
4. За всем этим стоит крупная медицинская корпорация, которой выгодно уничтожить президента, как политического деятеля (не физически, нет), и поставить на его место свою марионетку. Их конечная цель - монополия на рынке мед.услуг (мед.обслуживание, оборудование, протезирование, ТО, фармацевтика и т.п.). Марионетка поможет им продвигать корпоративную политику, сняв запрет на монополию, а это уже зеленый свет для крупной корпорации, чтобы втянуть в себя все предприятия смежных отраслей не как партнеров, а как дочерние фирмы. И грести бабло карьерными экскаваторами.
5. Президент отрицает существование документов, но его общественный авторитет настолько низок, что отрицание воспринимается как признание существования компромата.
6. Полиция получает приказ от корпорации, но Управление считает, что приказ исходит от президента. Сама того не подозревая, полиция работает на корпорацию, создавая еще больший шум вокруг документов.

Итого, обе команды действуют в условия полной дезинформации и информационного шума. Реальная ситуация же, не?
И до самого конца игры, они НЕ узнают, что за всем стоит корпорация, и мир спасать они не будут - это не их дело, разоблачать корпоратов они не будут - им это не по зубам, уничтожать заводы корпорации они не будут - это разрушит всю экономику Города и все станет только хуже.
Это киберпанк, детка!

Корпоратов мы пустим фоном сюжета. Если никто не хочет ввязываться в параллельную ветвь, не связанную с персонажами, то мы возьмем это лично на себя, что делать-то...